Les habitats et les espèces du site Natura2000 de la Ria d'Etel peuvent être soumis à des menaces qu'il convient de réduire pour les maintenir dans un bon état de conservation.
Cela peut être :
- de l'embroussaillement, conséquence de l'abandon de l'entretien des milieux,
- de l'envahissement par des espèces invasives : espèces introduites ayant un fort pouvoir colonisateur
- une exploition non adaptée (destruction d'herbiers de zostères...)
- des dégradations diverses et localisées : érosion due à la fréquentation, remblais sauvages, drainages, décharges...
- l'eutrophisation des milieux aquatiques (apport exagéré de substances nutritives)
- des pollututions diverses (déchets, hydrocarbures...)
Les enjeux de conservation du site Natura2000 sont la préservation des habitats de landes contre l'embroussaillement, la lutte contre la prolifération des espèces invasives, et notamment du baccharis sur les prés salés, la gestion des prairies humides, la restauration des mares, le maintien des habitats des espèces animales et végétales...
Tous ces enjeux, mis en évidence dans le document d'objectifs, se traduisent par des "fiches actions" qui détaillent les opérations techniques à mettre en oeuvre pour répondre aux objectifs de conservation du site.