8 espèces animales d'intéret communautaire (inscrites à l'annexe II de la directive "Habitat") ont été recensées sur le site Natura2000 de la ria d'Etel :
2 mammifères :
- La Loutre d'Europe (Lutra lutra)
- La Barbastelle d'Europe (Barbastella barbastellus), qui est une chauve-souris
4 poissons, dont 2 migrateurs :
- Le Saumon Atlantique (Salmo salar)
- La Lamproie marine
et 2 vivant en eau douce :
- La Lamproie de Planer (Lampetra planeri)
- Le Chabot (Cottus gobio)
2 insectes :
- Le Damier de la succise (Euphydryas aurinia) qui est un papillon
- Le Lucane cerf-volant (Lucanus cervus)
Outre ces espèces d'interet européen, le site présente une grande diversité de milieux naturels qui abritent une multitude espèces animales patrimoniales :
- Plus de 160 espèces d'oiseaux dont des rapaces, des limicoles, des anatidés, des espèces emblématiques comme les Sternes,l'Engoulevent d'Europe...
- De nombreux mammifères, dont le Campagnol amphibie
- 8 espèces d'amphibiens (tritons et Grenouilles)
- 6 espèces de reptiles
- une multidude d'insectes!
