L'annexe II de la Directive habitats liste les espèces de faune et de flore d'intérêt communautaire, c’est-à-dire les espèces qui sont soit :
- en danger d'extinction
- vulnérables, pour les espèces qui ne sont pas encore en danger mais qui peuvent le devenir dans un avenir proche si les pressions qu'elles subissent ne diminuent pas
- rares, lorsqu'elles présentent des populations de petite taille et ne sont pas encore en danger ou vulnérables, qui peuvent le devenir
- endémiques, lorsqu'elles sont caractéristiques d'une zone géographique restreinte particulière, et strictement localisées à cette zone, du fait de la spécificité de leur habitat.
On distingue les espèces prioritaires, c'est-à-dire celles dont l'état de conservation est préoccupant et pour lesquelles un effort particulier doit être engagé.
La France dispose sur son territoire de 83 espèces animales (dont 8 prioritaires comme l'ours brun, le phoque moine, l'esturgeon, etc.) et 57 espèces végétales sur les 632 espèces listées à cette annexe.
